随着养殖业的加速发展，在市面上出售的新鲜鸡蛋中，七成以上属“笼养鸡蛋”。2007年，欧洲食品安全局经研究得出结论：笼养母鸡比放养母鸡感染沙门氏菌的机率高出25倍，所产的鸡蛋感染沙门氏菌等危害人体健康细菌的机率也大大提升。

　　沙门氏菌常见于蛋、肉类和未经过杀菌程序的奶，可引致食物中毒。根据资料显示，沙门氏菌可在蛋壳形成之前，经受感染的卵巢或输卵管组织传入蛋内，所以即使蛋壳完整，蛋内亦可能含有沙门氏菌；蛋壳沾上粪便是另一个感染途径，蛋壳潮湿、鸡蛋于室温下存放、蛋壳破裂，都可导致沙门氏菌从蛋壳上的小孔或裂纹进入蛋内。

　　为何笼养母鸡感染沙门氏菌的风险大增，最主要因素是鸡群密度，愈密愈容易受感染，沙门氏菌通常随粪便排出，工业式生产鸡蛋的鸡场，通常用金字塔式鸡笼，一层叠一层，上层的排泄物会掉到下层，底层的鸡更容易受感染。一般农场地面以水泥铺砌，鸡的排泄物会积聚在地面，清洁时才用水冲走。

　　而放养方式养鸡，鸡可以自由走动，晒太阳，出产的鸡蛋则相对卫生。自行洗蛋不当破坏保护层反招菌

　　台湾出售的洗选蛋以及部分从日本和泰国进口的鸡蛋是经过清洗消毒处理的。生产商会把处理好的鸡蛋，再涂上人工保护膜，防止鸡蛋受到二次污染。台湾食品药物管理署的新闻稿指出，洗选生鲜蛋品是指禽蛋搜集后，经洗净、风干、检查、包装，有助降低沙门氏菌污染。但若过程处理不当，将蛋壳外的保护层洗除，有可能使蛋品受洗洁剂或微生物污染。

　　自行洗蛋可不可行呢？这需要慎重处理。鸡蛋壳本身是一个很好的天然屏障，如果清洗不当或会破坏表层膜，反而将细菌带入蛋内，用冷水、室温水会增加细菌进入蛋内的风险；应使用微温水，能令蛋孔内的空气膨胀，防止细菌进入。但搞不好就适得其反，所以不建议自行洗蛋。

　　食物安全中心工作人员建议，在一般情况下，鸡蛋毋须清洗，若蛋壳沾有鸟粪，可用水清洗，之后应立刻烹煮。如果想储存鸡蛋，不是立刻食用的话，就不适宜洗蛋。

　　除了洗选蛋，超市亦出售印有不含沙门氏菌的鸡蛋，声称鸡蛋由注射过沙门氏菌疫苗的母鸡产下。但注射疫苗只不过是增加鸡对那种菌的抵抗力，亦不能100%保证不会感染沙门氏菌，因为沙门氏菌也可透过环境媒介传染，若产蛋后，周边的草、禽畜带菌，也可能会污染刚产下的蛋。

　　不少甜品都会用鸡蛋作材料，过程中未经加热处理，例如意大利芝士蛋糕、布丁、慕司等，存有感染沙门氏菌的风险。建议选用经巴士德消毒法消毒的蛋或蛋制品，来制作不需要加热处理的食品。巴士德消毒是一种在一段时间内把食物加热至某个温度，减低细菌总数的热处理方法。

　　经巴士德消毒的鸡蛋较安全，要制作不经烹调的蛋食品，除可选用巴士德消毒鸡蛋，亦可用脱水的鸡蛋粉，但老人、儿童、孕妇、长期病患者则要加倍小心。因细菌繁殖速度取决于存放环境的温度和时间，一般较暖温度有利细菌繁殖。所以，建议将鸡蛋存放在阴凉及干爽地方，最好是在冰柜内4摄氏度以下，能减低细菌生长速度。